Organisasi Balai Konservasi Sumber Daya Alam DKI Jakarta termasuk tipe A yang terdiri dari:

1. Kepala Balai Konservasi Sumber Daya Alam DKI Jakarta.
2. Kepala Sub Bagian Tata Usaha.
3. Kepala Seksi Konservasi Wilayah I.
4. Kepala Seksi Konservasi Wilayah II.
5. Kepala Seksi Konservasi Wilayah III.
6. Kelompok Jabatan Fungsional (Polisi Kehutanan, Pengendali Ekosistem Hutan dan Penyuluh Kehutanan).

Bagan Struktur Organisasi Balai Konservasi Sumber Daya Alam DKI Jakarta sesuai SK Menteri Kehutanan Nomor P.02/MENHUT-II/2007 tanggal 1 Februari 2007 adalah sebagai berikut: